金華南站是地下雙層島式車站，地下一層為站廳層，地下二層為站臺(tái)層。金華南站主體布置在金甌路與湖楊街交叉口處，沿湖楊街南北向呈一字型布置。車站西側(cè)為現(xiàn)代同心閣、麻車塘、翡翠城等住宅社區(qū)，東側(cè)為金華南火車站、站前廣場(chǎng)、火車站地下停車場(chǎng)等。 車站共設(shè)5個(gè)出入口，A、B、C、D、E口，其中C口通道是國(guó)鐵換乘通道，D口通往火車站地下停車場(chǎng)，E口與金華南火車站出站口相連，實(shí)現(xiàn)軌道交通與國(guó)鐵“零距離”換乘。全站設(shè)有一個(gè)客服中心，2個(gè)安檢點(diǎn)（目前啟用1個(gè)），站臺(tái)中部及A出入口設(shè)有無(wú)障礙電梯，在站臺(tái)層設(shè)有公共衛(wèi)生間、無(wú)障礙衛(wèi)生間、母嬰室等便民服務(wù)設(shè)施。